Eli, guidé par les Ombres, découvre un hologramme de son père. Celui-ci lui explique que les Slugs Elémentaires, représentant le feu, l'eau, la terre, l'air et l'énergie et dont dépend l'équilibre de Slugterra, sont en passe d'être perverties par le sorcier Goune qui s'est emparé de l'esprit d'un nouveau lanceur. La mission d'Eli et sa bande est de réunir les cinq Slugs Elémentaires pour sauver Slugterra.