Un sous-marin lanceur de missiles russe disparaît sans laisser de traces lors d'une mission secrète en mer du Groenland. Un navire est dépêché à sa recherche, commandé par le frère du commandant du sous-marin disparu. L'équipage a pour mission de localiser le sous-marin et d'empêcher qu'une arme top secrète ne tombe entre les mains de l'ennemi. Parallèlement, une opération de recherche géologique au pôle Nord réveille le Kraken, un monstre abyssal gigantesque doté d'un incroyable pouvoir de camouflage et d'une intelligence hors du commun. Alors que l'équipe de recherche se rapproche du sous-marin disparu, elle va se retrouver face à la créature légendaire des profondeurs.