L'histoire de What's Wrong With Secretary Kim est adaptée d'un roman du même titre, écrit par Jeong Gyeong Yun. Lee Yeong Jun est un héritier de deuxième génération. Il est un homme beau, riche et intelligent, mais terriblement arrogant. Sa famille possède une grande entreprise où il occupe le poste du vice-président. Kim Mi So est la secrétaire de Yeong Jun depuis plusieurs années car elle correspond parfaitement à ses attentes. Sauf que cette dernière décide un jour de quitter son poste...
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